本院為學術研究機關，主要成果集中於論文發表上，專利申請次之，過去10年本院論文發表成果豐碩，平均論文被引用次數居全台之冠，且每篇論文被引用次數本院8.39次；台大6.25次；新加坡大學6.41次；大陸中科院4.22次；日本Riken是13.08次，由這些量化評比數據來看，本院學術研究成果的品質和亞洲其他國家代表性機構相比，毫不遜色。當然，對未來成效是可以預期的。